مناقشة رسالة طالب الماجستير مصطفى سهيل مصطفى عباس من قسم علوم الحياة

تمت المناقشة العلنية لرسالة طالب الماجستير مصطفى سهيل مصطفى عباس من قسم علوم الحياة في كلية التربية للعلوم الصرفة (ابن الهيثم) و الموسومة :

دراسة جزيئية لبكتيريا Klebsiella pneumoniae ذات المقاومة المتعددة للمضادات الحيوية والمعزولة من عينات سريرية مختلفة

 

وتألفت لجنة المناقشة من الذوات المدرجة اسمائهم فيما يلي:

لجنة المناقشة تتالف من الاساتذة الافاضل :-

أ.د.هادي رحمن رشيد …………………………………………………رئيسا

أ.م.د.عصام جاسم خربيط ……………………………………………..عضوا

م.د.محمد عباس فياض ……………………………………………….عضوا

أ.د.رنا مجاهد عبدالله …………………………………………عضوا و مشرفا

  

تم في هذه الدراسة جمع 150 عينة سريرية من مرضى يعانون من امراض مختلفة.العينات شملت  البول(45) و الدم (37) و الجروح (24) و الحروق (23) و القشع (21). تم جمع العينات خلال المدة من10/10/2017 الى25/1/2018 من عدة مستشفيات في بغداد.

شخصت العزلات عن طريق الزرع على اوساط اكار الماكونكي و اكار الايوسين المثيلين الازرق واكار الدم الاساس و اكار كرومايجين اورينتيشن. ثم شخصت العزلات باستخدام عدة اختبارات كيموحيوية تضمنت (اختبارات الاوكسيديز و الكتاليز و الاندول واحمر المثيل و فوكاس بروسكاور و استهلاك السترات و كلكر الحديد و اليوريز). ان التشخيص النهائي للعزلات اجري  باستخدام  جهازVitek-2. اظهرت النتائج ان 50 عزلة كانت تنتمي الى بكتيريا Klebsiella pneumoniae شملت 15 من البول و12من الدم و9 من كل من القشع و الجروح و5 من الحروق.

 

اظهر اختبار فحص الحساسية ان عزلات بكتيريا  Klebsiella pneumoniaeكانت       ذات مقاومة عالية للمضادات   Piperacillin92% و Ceftazidime  و Cefataxime  84% لكل منهما، ثم يليها Azetreonam 78% و  Cefepime 74%     و   Trimethoprime-   Sulfamethoxazole  64%   و   Tobramycin  62%    و  Ciprofloxacin 56%     و Gentamicin   50%  و Tetracycline 48%   و  Amikacin  40%  وImipenem   و Ofloxacin  32%  لكل منهما و  Levofloxacin 28% .

  تم تحديد التراكيز المثبطة الدنيا(MICs) اذ اظهرت   عزلات   بكتيريا  Klebsiella pneumoniae مقاومة عالية لكل من   Ampicillin100%  وNitrofurantoin  90% و Cefazolin 88% و  Ceftriaxone86% و Ceftazidime 84%، ثم تليها Cefepim 80%  و  Trimethoprime-Sulfamethoxazole 72%  و Cefoxitin 56% و Piperacillin-Tazobactam  54%   و   Gentamicin 50%    و   Amikacin 44%   و  Ertapenem 42%  و  Imipenem36%  و   Ciprofloxacin30% و اقل مقاومة كانت للمضادين Levofloxacin 22% و Tigecyclin 8%.

اظهرت النتائج ان 50% من عزلات بكتيريا  Klebsiella pneumoniaeكانت موجبة لانزيمات البيتالاكتميز الواسعة الطيف.

اظهر التشخيص الجزيئي لجينات مقاومة مضادات مجموعة الامينوكلايكوسيدات ان عزلات بكتيريا Klebsiella pneumoniaeكانت تمتلك جينات aac(3′)-ΙΙ وaac(6′)-Ιb وaph(3′)-VΙ و ant(3′′)-Ι و armA بنسبة 94% و86% و36% و16% و 10% على التوالي. في حين لم تمتلك عزلات بكتيريا Klebsiella pneumoniae لكلا الجينين aac(6′)-ΙI و rmtB .

اظهر التشخيص الجزيئي لجينات مقاومة مضادات مجموعة الكينولينات ان جميع عزلات بكتيريا Klebsiella pneumoniae  كانت تمتلك الجينين gyrA و parC . في حين بينت النتائج امتلاك عزلات بكتيريا Klebsiella pneumoniae لكل من الجينات oxqA  و  aac(6′)-Ιb-cr و qnrSو qnrBو oqxB بنسبة 94% و76% و76% و36% و 10% على التوالي. من جهة اخرى تبين ان عزلات بكتيريا Klebsiella pneumoniae لم تمتلك كل من الجينات qnrA و qnrC و qnrD .

بينت نتائج تحليل التسلسل التتابعي للحامض النووي للجينات aac(3′)-II و aac(6′)-Ib،     ant(3′′)-I و  aph(3′)-VI و armA و qnrB و qnrS و  oqxAو oqxB  و gyrA  و parC وجود طفرات صامتة لم تؤثر في ترجمة البروتين و طفرات انحشار اثرت في ترجمة البروتين من خلال حصول استبدال في الاحماض الامينية.   

 

---

 

The MSc .Thesis Discussion of student (Mustafa Suhail Mustafa Abbas) from department of Biology

The MSc. Thesis Discussion of of student (Mustafa Suhail Mustafa Abbas) from department of Biology entitled (Molecular Study of Multidrug Resistant Klebsiella pneumonia isolated from different clinical samples) has been discussed.

The Discussion committee:-

Prof.Dr.Hadi Rahman Rasheed       head

Asst.prof.Dr.Esam Jasim Khuraibut    member

The instructor Mohammed Abbas Faiadh      member

Prof.Dr.Rana Mujahid Abdulla       supervisor member

Fifty one hundred of clinical samples were collected from patients suffered from different diseases. These samples included urine (45), blood (37), wound (24), burn (23) and sputum (21).The bacterial collection was done during the period from 10/10/2017 to 25/1/2018 from different hospitals in Baghdad.

The isolates were identified by culturing on MacConkey agar , Eosin Methylene blue agar (EMB) , Blood agar base and  CHROMagar orientation media.Then the isolates were identified by several biochemical tests including (Oxidase, catalase, Indole,Methyl-red,Voges-Proskauer,Citrate utilization,kligler iron and Urease).The final identification of isolates was done by using Vitek-2 system .The results showed that 50 isolates were belonged to Klebsiella pneumonia included 15 from urine,12 from blood,9 from each sputum and wounds and 5 from burns.

The antimicrobial susceptibility test exhibited that Klebsiella pneumoniaeisolates were high resistant for Piperacillin 92% ,Ceftazidime and Cefataxime84% each of them, followed byAzetreonam78% ,Cefepime74%,Trimethoprime-Sulfamethoxazole64%, Tobramycin62%, Ciprofloxacin56%, Gentamicin 50% , Tetracycline48%, Amikacin 40% and the lowest resistance was for Imepenem and Ofloxacin 32% each of them and finally Levofloxacin28%.

The Minimum Inhibitory Concentrations (MICs) showed thatKlebsiella pneumoniaeisolates were high resistant for Ampicillin100%, Nitrofurantoin90%, Cefazolin88%,Ceftriaxone86% and Ceftazidime84% followed by Cefepim80%, Trimethoprime-Sulfamethoxazole 72%,Cefoxitin56%,Piperacillin-Tazobactam54%, Gentamicin 50%, Amikacin44%, Ertapenem42%,Imepenem36%,Ciprofloxacin30% and the lowest resistance was for Levofloxacin22% and Tigecycline8%.

The results showed that 50% of Klebsiella  pneumonia isolates were positive for Extended Spectrum β-lactamases (ESBLs).

Molecular detection of amino glycosides resistance genes revealed that Klebsiella pneumonia isolates were harboring aac(3′)-ΙΙ, aac(6′)-Ιb, aph(3′)-VΙ , ant(3′′)-Ι and armA  at percentages 94%,86%,36%,16% and 10% respectively. In contrast, aac(6′)-ΙI, and rmtB were not found among  K. pneumonia isolates.

Molecular detection of quinolone resistance genes revealed that all Klebsiella pneumoniae isolates were harboring gyrA and parC.Moreover,Klebsiella pneumoniaeisolates were possessing oxqA, aac(6′)-Ιb-cr , qnrS,qnrB and oqxBat percentages 94%,76%,76%,36% and 10% respectively. On the other hand, theqnrA, qnrC and qnrD were not found among Klebsiella pneumonia isolates.

The DNA sequencing of  aac(3′)-II, aac(6′)-Ib, ant(3′′)-I, aph(3′)-VI, armA, qnrB, qnrS,oqxA, oqxB, gyrA and parC genes revealed that the presence of silent mutations, which didn’t  cause any substitution on the protein translation and misses mutation, which effected on the protein translation through the substitutions of amino acids