Preaload Image

قسم علوم الحياة يناقش رسالة ماجستير تبحث في الكشف الجزيئي لجينات مقاومة المضادات الحيوية في بكتريا Acinetobacter baumannii

Print Friendly, PDF & Email

ناقش قسم علوم الحياة في كلية التربية للعلوم الصرفة (ابن الهيثم) رسالة الماجستير الموسومة ( الكشف الجزيئي لبعض جينات مقاومة المضادات الحيوية في بكتريا Acinetobacter baumannii المعزولة من حالات سريرية مختلفة ) للطالب ( اركان عدنان مهدي ) التي انجزها باشراف التدريسية في القسم ( رنا مجاهد عبد الله الشويخ)  .

 

ويهدف البحث الى :

  • عزل البكتيريا من عينات سريرية مختلفة .

  • اجراء فحص الحساسية بطريقيتين مختلفتين.

  • التحري عن جينات مقاومة المضادات الحيوية (   pmrA , bla-OXA23 like , like   bla-OXA-51  والجين aacC1 ) التي تشفر الى مقاومة مضادات البيتالاكتام و الامينوكلايكوسايد و مضاد الكوليسين.

  • دراسة التعبير الجيني للجينات المذكورة اعلاه بعد معاملة عزلات بكتيريا (Acinetobacter baumannii) بالمضادات الحيوية الاتية : Ceftazidime ، Gentamycin ، Colistin   

وتم في هذا البحث جمع 200 عينة سريرية من مختلف المصادر شملت 50 عينة دم Blood) )  من مرضى تجرثم الدم ( (bacteremia,55 عينة من  القشع Sputum)) من مرضى التهاب المسالك التنفسية,  50 عينة من البول Urine)) من مرضى التهاب المسالك البولية ,10  عينات  من مسحات  الجروح (Wound swab)   من التهاب الجروح   ,10 عينات  من مسحات  الحروق (( Burn swab من مرضى الحروق ,10 عينات  من مسحات الحنجرة Throat swab)) من التهاب الجهاز التنفسي العلوي,Upper respiratory 10 عينة من  سوائل الجسم (Pleural effusion)   وذلك  من مستشفيات مختلفة في بغداد   للمدة  من  20  \11\ 2018 والى  15\2\2019  .

            زرعت  العينات على اوساط  زرعية شملت  وسط اكار الدم blood agar  , وسط اكار  الماكونكي MacConky agar و وسط  اكار الكروماجين  اورينتيشن  Chromagen agar orientation   لدراسة الصفات المزرعية (المظهرية) والمجهرية  ثم  اجريت الاختبارات  الكيمو حيوية اذ  تم التشخيص النهائي للبكتريا بواساطة جهاز الفايتك وAPI 20 E وتم التشخيص الجزيئي بالاعتماد على الجين 16srRNA  اذ يعد  الفحص الاسرع والادق  في مجال التشخيص  وقد  اظهرت جميع العزلات امتلاكها للجين بنسبة 100% وبوزن جزيئي  151 زوج قاعدة .

        اظهرت نتائج تشخيص ان 40 عزلة  تعود لبكتريا Acinetobacter baumannii وشملت   14 عزلة  من عينات الدم  و بنسبة 35% , 15 عزلة من عينات القشع وبنسبة 38% , اما من عينات الجروح فكانت 4 عزلات   وبنسبة 10% , عينات البول  كانت 4  عزلات و بنسبة 10% , اما عينات (الحروق , سوائل الجسم و مسحات الحنجرة) كانت عزلة واحده لكل منهم  وبنسبة 2.5%.

         اجري فحص الحساسية للعزلات البكتيرية  وباعتماد  طريقه انتشار الاقراص.  اظهرت  النتائج ان  بكتريا A. baumannii  مقاومة لمضاد    Ampicillin   بنسبة )85%( ,  لمضاد  Augmentin بنسبة ( ,(85% لمضاد Ceftazidime بنسبة )78%( , Cefatoxime   بنسبة )68 %) Norfloxacin  بنسبة(55%) , لمضاد    Gentamycin  بنسبة (53 %), , لمضاد Imipinem  بنسبة (50%) ,لمضاد    Amikacin بنسبة ( 50% ),  , لمضاد Ciprofloxacin  بنسبة (50%) , لمضاد Cifepem  بنسبة (50%) , لمضاد Topramycin   بنسبة( 33% ) و  لمضاد Colistin   بنسبة (15 % )  .

          اما نتائج فحص الحساسية باعتماد طريقة التركيز المثبط الادنى MIC فكانت كما يأتي  مضادTicarcicllin  بنسبة ( 55%) , مضاد  Ceftazidim بنسبة ( 52%) ,مضاد    Cefipimبنسبة ( 52%), مضاد Imipinem بنسبة (52%), مضاد Ciprofloxacin بنسبة (52 %) , مضاد  Trimethoprim بنسبة (52.5%) , مضاد Gentamycin بنسبة (42%) مضاد Meropinem بنسبة(37%), م مضاد  pipracillin بنسبة (37%), Colistin بنسبة (15%). مضاد Topramycin بنسبة ( 10%).

   تم التحري عن جينات المقاومة لبكتريا Acinetobacter baumannii  بوساطة جهاز البلمرة المتسلسل (PCR) وقد بينت النتائج ان بكتريا A. baumannii تمتلك  الجين bla-OXA-23like بنسبة 100% وبوزن جزيئي 605  زوج قاعدة. اما الجين bla-OXA-51like فأظهرت  النتائج ان البكتريا تحمل هذا الجين بنسبة ( 100%) وبوزن جزيئي 382 زوج قاعدة . اما الجين  aacC1فقد اظهرت النتائج ان البكتريا   تحمل هذا  الجين و بنسبة (100%) وبوزن جزيئي 465  زوج قاعدة . اما الجين pmrA  فقد  اظهرت النتائج ان البكتريا تحمل الجين بنسبة 15% وبوزن جزيئي 175 زوج قاعدة .

تم قياس التعبير الجيني لكل من جينات المقاومة   pmrA , bla-OXA23 like , like   bla-OXA-51  والجين aacC1. لوحظ هناك زيادة في التعبير الجيني لجين pmrA  بعد ان تم معاملة العزلة البكتيرية  بمضاد الكولسين , واظهرت النتائج ان  هناك زيادة في التعبير الجيني لجين  blaOXA23like بعد ان تم معاملة العزلة البكتيرية بمضاد Ceftazedim , في حين لم تلاحظ  اية زيادة في التعبير الجيني  بالنسبة للجين bla-OXA51like بعد معاملة البكتريا بمضاد Ceftazidime . ولوحظ ان هناك زيادة بالتعبير الجيني للجين aacC1 بعد ان تم معاملة البكتريا بمضاد Gentamycin.

 

وتوصل الطالب الباحث الى الاستنتاجات :

  1. شيوع عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii في عينات التهاب المجاري التنفسية وعينات الدم.

  2. اظهرت النتائج ان جميع عزلات بكتريا Acinetobacter baumannii  تمتلك الجين 16srRNA وبنسبة 100%  

  3. اظهرت النتائج ان اعلى نسبة مقاومة في بكتريا Acinetobacter baumannii  كانت لمضاد Ampicillin  وAugmantin  حيث بلغت 85% لكل منهم . واقل نسبة مقاومة كانت ضد مضاد الكولسين حيث بلغت  15% فقط .  

  4. تمتلك بكتريا Acinetobacter baumannii  جين المقاومة   aacC1    بنسيه 100% ,  جينات المقاومة bla-OXA-23 like  و bla-OXA-51like  بنسبة 100% لكل منهما  و الجين pmrA  .بنسبة 15%.

  5. اظهرت نتائج التعبير الجيني ان هناك زيادة في التعبير الجيني للجين bla-OXA23 like بعد معاملة العزلة  بمضاد Ceftazedim  . في حين لم تظهر هناك اي  زيادة في التعبير الجيني للجين bla-OXA51like بعد معاملة العزلة  بمضاد Ceftazedim . كما واظهرت النتائج ان هناك زيادة في التعبير الجيني للجين aacC1   بعد معاملة العزلة بمضاد Gentamycin . و زيادة في التعبير الجيني  للجين pmrA  بعد معاملة  العزلة بمضاد Colistin  .

واوصى الطالب في ختام رسالته بالتوصيات الاتية :

  1. اجراء العديد من الدراسات حول مقاومة البكتريا للمضادات الحيوية المختلفة .

  2. اجراء العديد من الدراسات حول جينات اخرى مسؤولة عن مقاومة البكتريا  للمضادات الحيوية المختلفة . 

  3. دراسة التحليل التتابعي لجينات المقاومة aacC1, pmrA, bla-OXA23-like, bla-OXA51like– والتحري عن الطفرات الجديدة  التي يمكن تواجدها في هذه الجينات ودراسة  تأثيرها في  قابلية البكتريا  لمقاومة  للمضادات الحيوية .   

  4. دراسة تقنيات اخرى في التشخيص مثلا نظام MLST database (mutilocus system typing)  للتحري عن عزلات بكتريا baumannii .

  5. اجراء العديد من الدراسات حول التعبير الجيني لجينات المقاومة لمختلف انواع المضادات الحيوية .       


    Molecular detection of some antibiotic resistant genes in Acinetobacterbaumannii that isolated from different clinical cases.

    By Arkan Adnan Mahdi

    Supervised by Prof. Dr.RanaMujahid Abdullah AL- Shwaikh

    Two Hundred clinical  samples  were collected  from different     sources of infection , included 50 sample of  blood from patients suffering with bacteremia , 55 sample of sputum were taken from patients suffering with respiratory tract infection ,50samplesof Urine were taken  from  the patients suffering from urinary  tract infection(UTI) ,  10 samples of wound swab were taken  from the  patients  suffering from wound infection , 10 samples of burn ,10samples of  throat swab were taken  from the patients  suffering from upper respiratory infection and 10 samples of body fluid from  plural infusion and the samples collected from different hospitals in  Baghdad during  the period from20\11\ 2018 to  15\2\2019 .

             All isolates were identified by culturing  on MacConky agar , blood agar and  Chromagen agar orientation to study phenotypic and microbiologic characteristics and then the isolates identified  by using several biochemical tests . the final diagnosis was done by vitik 2 system and API 20E. Molecular detection of 16srRNA gene which  it is the faster and accurate for bacterial  diagnosis. All isolates have the gene (100%) with molecular weight 151bp.

    After identification  we obtained  40  isolates ofAcinetobacterbaumannii, including 14 isolates  from blood (35%) , 15isolates from sputum (38%) , 4 isolates from wound infection (10%),4 isolates from Urine (10%) , only one isolate from Throat swabs, Burn and plural effusion  fluid(2.5%) .     

    Aantimicrobial susceptibility test to (12) antibiotics had done be using disk diffusion method , the results showed that all isolates were high  resistant to Ampicillin (85%) , Augmentin (85%) Ceftazidime (78%)Cefotaxime ( 68 %) ,Norfloxacin(55%)Gentamycin (53%) Imipenem ( 50%) , Amikacin (50%), Ciprofloxacin ( 50%) Cefepime( 50%) , Topramycin ( 33%) and Colistin (15 %) .

                  The results of antibiotic sensitivity had done by using Minimum Inhibition Constriction (MIC), the results   showed  that all isolates  resistant to Ticarcicllin(55%) , Ceftazidim(52%)Cefipim)52%(Imipinem(52%)Ciprofloxacin )52%( , Trimethoprim )52.3 %(Gentamycin)  40%(Meropinem)37% (Colistin)  15%( and Topramycin)10 %. (.

    Genotypic detection of some Antibiotics Resistant genes by using polymerase chain reaction (PCR) was appeared in (100%) of bla-OXA23 like with molecular weight 605base pair,bla-OXA 51 likein (100%)with molecular weight 382base pair,100% aacC1 with molecular weight465base pair and (15 %)of pmrA gene with molecular weight 175  base pair

    Gene expression was done of the pmrA , bla-OXA23like , bla-OXA51like and aacC1genes. The results of gene expression for pmrAgene showed increase of the gene expression when treated by Colistin Antibiotic, increase the gene expression for bla-OXA23like gen  when treated the isolates by Ceftazidim Antibiotic, thebla-OXA51 like gene ,don’t showed any  increasing in gene expression when treated by Ceftazidime Antibiotic and the  gene expression of the aacC1gene  was increasing in gene expression when treated by Gentamycin Antibiotic