رسالة ماجستير تبحث في عوامل ضراوة  بكتريا MRSA  وإنتشارها في إصابات الجروح والحروق ومعدلات مقاومتها للمضادات الحيوية

ناقش قسم علوم الحياة في كلية التربية للعلوم الصرفة (ابن الهيثم) رسالة الماجستير الموسومة “دراسة التنميط الجيني لبكتريا Staphylococcus aureus المعزولة من عينات سريرية مختلفة” للطالبة ( اسراء حمزة ياسين ) التي انجزتها باشراف التدريسي في القسم (أ.م.د. محمود ابراهيم اسماعيل).

حيث تهدف هذه الدراسة الى معرفة إنتشار بكتريا MRSA في إصابات الجروح والحروق ومعدلات مقاومتها للمضادات الحيوية ودراسة بعض عوامل ضراوتها مظهرياً وجينياً، ورصد التغايرات الجينية فيها للمساهمة في إيجاد الآليات التي تحد من إنتشارها.

وتضمنت الدراسة الحالية ثلاثة جوانب أساسية :

الجانب الاول : تمثل بعزل و تشخيص بكتريا Staphylococcus aureus من 160 عينة سريرية معزولة من الجروح و الحروق جُمعت من مستشفيات محافظة بغداد و للفترة من               ( 5/11/2017 – 15 / 4/2018 ) و بعد ذلك أُجريت عليها اختبارات الحساسية للمضادات الحيوية ، وتمثلت نتائج الجانب الاول بما يأتي :

1. معدل العزلات البكتيرية العائدة للنوع aureus كان 73.8 % ( 118/160 ) شخصت باستعمال طرائق التشخيص التقليدية، ثم غربلت عزلات S.aureus باختبار حساسيتها لمضاد المثيسلين لتحديد العزلات المقاومة له، وكان معدل العزلات المقاومة للمثيسلين 83.1 % ( 98/118 ) أختيرت 40 عزلة منها لاكمال الدراسة تم تأكيد تشخيصها باستعمال البادئ النوعي للجين 16S rDNA إذ اظهرت نتائج التشخيص الجزيئي باستعمال تفاعل البلمرة المتسلسل  امتلاك العزلات البكتيرية للجين  16S rDNA.

2. كشف نتائج فحص حساسية MRSA (40 عزلة ) للمضادات الحيوية بطريقة انتشار القرص عن امتلاكها المقاومة المتعددة لـ (2-8) من المضادات الحيوية المختبرة . أقل معدل مقاومة لعزلات MRSA كان للمضادات Ciprofloxxacin (0%) و Vancomycin (0%) و Impenem (0%) .

الجانب الثاني : تمثل بالكشف ظاهرياً عن بعض عوامل الضراوة و الكشف جزيئياً عن أربعة جينات مشفرة لعوامل الضراوة، وتمثلت نتائج الجانب الثاني بما يأتي :

1. أظهرت نتائج اختبار الكشف عن إنزيمات البيتا لاكتاميز واسعة الطيف لبكتريا aureus المقاومة للمثيسلين بطريقة القرص التآزري المزدوج بأن معدل العزلات الموجبة للفحص كان 85 % (40 / 34 ) .

2. أظهرت نتائج أختبار الكشف عن تكوين الغشاء الحيوي لبكتريا aureus المقاومة للمثيسلين بطريقة أطباق المعايرة وعند الطول الموجي 570 nm  أن معدل العزلات المكونة للغشاء الحيوي كان 100 % (40/40) إذ أن 62.5 % (25/40) من العزلات كانت بدرجة قوية و 17.5 % (7/40) بدرجة متوسطة و 20% (8/40) بدرجة ضعيفة. و أظهرت نتائج  الكشف الجزيئي عن الجين icaA  الذي يشفر لتكوين الغشاء الحيوي ان 52.5% (40 / 21 ) من العزلات امتلكت الجين icaA .

3. أظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن عوامل الضراوة لجين mecA الذي يشفر لمقاومة مضاد المثيسلين ان 5 % (40/22) من العزلات امتلكت هذا الجين، و أظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة الجين sei الذي يشفر لانتاج الذيفانات المعوية ان 60% (40/24) من العزلات امتلكت الجين، و أظهرت نتائج الكشف الجزيئي عن عامل الضراوة coa أن جميع العزلات 100% (40/40) كانت تمتلك هذا الجين.

الجانب الثالث : تمثل بدراسة التتابع الجيني لقطعة الجين coa المضخمة في تفاعل البلمرة المتسلسل و تم رصد التغايرات الجينية المتمثلة بالطفرات الوراثية الحاصلة في القطعة الجينية المدروسة ، ثم تم أنشاء شجرة تطورية متخصصة و شاملة قورنت فيها العزلات البكتيرية المتغايرة جينياً مع العزلات المرجعية ووُضِح خلالها التأُثير الذي نتج عن الطفرات الوراثية الذي ادى الى تغيير درجات القرابة بين العزلات البكتيرية و تغيير موقعها ضمن الشجرة التطورية .

وحصلت الطالبة على تقدير (امتياز) لدى مناقشتها من قبل لجنة المناقشة المدرجة اسمائهم فيما يلي:

أ.د. رغد اكرم عزيز (رئيسا)

أ.م.د. لمى عبد الهادي زوين (عضوا)

أ.م.د. وفاء صبري ماهود (عضوا)

أ.م.د. محمود ابراهيم اسماعيل (عضوا ومشرفا)

---

MSc .thesis on Genotyping study of Staphylococcus aureusisolated from different clinical samples

The student (Esra’a Hamza Yaseen) discussed a lecture on staphylococcus aueus) supervised by Asst .prof .Dr.Mahmood Ibrahim Ismail in the department of Biology

The discussion committee

Prof.Dr.Raghad Akram Aziz     head

Asst.prof.Dr.Luma Abdulhadi Zuain   member

Asst.prof.Dr.Wafaa Sabri Mahood    member

Asst.prof.Dr.Mahmood Ibrahim Ismail   supervisor member

The Abstract

The Current Study Included Three Parts

Part One: Included isolation and identification of S.aureus  from 160 clinical samples, isolated from wounds and burns from Baghdad hospitals from 5/11/2017 to 15/4/2018. Then, their antibiotics sensitivity was studied this part included the following results

The rate of the isolated bacteria belong to the species S.aureus was 73.8% (118/160), were identified by conventional method, then they have been screened by testing its susceptibility to methicillin and the rate of  MRSA isolates was 83.1% (98/118), only 40 isolates were chosen to complete this study. The isolates identification was confirmed by using specific primers to detect 16SrDNAgene in bacterial genome. The results of PCRtechnique showed that all the isolates have 16SrDNAgene

The results of susceptibility test by disc diffusion method showed that 40 MRSA isolates were multi drug resistant to (2-8) from the tested antibiotics. The lowest resistance rates of MRSA isolates were (0%) for ciprofloxacin, vancomycin and imipenem

Part Two: Constituted the phenotypic detection of some virulence factors and molecular detection of 4 genes that related with virulence factors  ,this parts included the following results 

Extended spectrum B-lactamase test which was done by double disk synergy technique investigated  that 85% (34/40) of  MRSA isolates were positive for the  test

The results of bio film formation test of MRSA isolates which was done by microtiter plates technique at 570 nm wave length showed that all the isolates (40/40) were positive  for the test , the rate of strong bio film formation was 62.5% (25/40), moderate bio film formation was 17.5%  (7/40) and weak bio film formation was 20% (8/40). The results of molecular detection of icaAgene (bio film gene) showed that 52.5% (21/40) of the isolates had possessed this gene.

The results of molecular detection of virulence factor mecAgene which encodes for methicillin resistance showed that 72.5% (29/40) of the isolates had possessed this gene, results of molecular detection of virulence factor seigene which encodes for enterotoxins showed that 60% (24/40)  of the isolates had possessed this gene and the results of molecular detection of virulence factorcoa gene which encodes for coagulase enzyme showed that 100% (40/40) of the isolates had possessed this gene

Part Three: Constituted the study of  DNA sequences of coa locus which was amplified by PCR, four  different patterns of amplicons  were obtained with high variability ratios of DNA sequences which represented the mutations that existed in this coa locus

A comprehensive phylogenetic tree was constructed by comparing coa variants sequences of 28 isolates with each other’s once, and with referring sequences once