ناقش قسم علوم الحياة في كلية التربية للعلوم الصرفة (ابن الهيثم) رسالة الماجستير الموسومة ( الكشف الجزيئي عن بعض جينات المقاومة للمضادات الحيوية في بكتريا كلبسيلا نيمونيا المعزولة من مصادر سريرية مختلفة ) للطالبة ( مريم هادي محمد خضير ) التي انجزتها تحت اشراف التدريسي في القسم ( م.د. محمود ابراهيم اسماعيل ).
وتم في هذه الدراسة جمع 382 عينة سريرية تضمنت: الحروق (96) عينة والجروح (47) عينة والبلغم (67) عينة وخمج المسالك البولية (92) عينة والتهاب الأذن الوسطى (11) عينة والبراز (63) عينة وسائل النخاع الشوكي (5) عينات من خمس مستشفيات بمدينة بغداد للمدة من 23/7/2018-15/1/2019. زرعت العينات السريرية على وسطي آكار الماكونكي وأكار الدم لعزل بكتريا الكلبسيلا نيمونيا. وقد توصلت الدراسة إلى الآتي:
أظهرت النتائج أن معدل أنتشار كلبسيلا نيمونيا كان 89.8% (342/381) من المجموع الكلي للعينات السريرية. بينما وجد أن 38 من مجموع 342 (11.1%) عزلة للكلبسيلا نيموني مقاومة لمضادات الكاربابينيم. هذه العزلات لمقاومة للكاربينيمات شملتها الدراسة.
بينت نتائج الكشف المظهري phenotypic عن أنزيمات البيتالاكتاميز أن جميع عزلات كلبسيلا نيمونيا المقاومة للكاربابينيمات (100%) غير منتجة لأنزيمات البيتالاكتاميز واسعة الطيف بطريقة القرص المزدوج التأزري بينما وجد أن هذه العزلات البكترية 100% (38/38) كانت منتجة لأنزيمات البيتالاكناميز المعددمية بطريقة أضافة محلول EDTA إلى قرص الأمبنيم.
أظهرت نتائج فحص الحساسية للمضادات الحيوية إتجاه 15 مضادا بطريقة أنتشار القرص أن عزلات البكتريا CRKP (38 عزلة) والمنتجة لأنزيمات الييتالاكتاميز المعدنية كانت حساسة لمضادي اليفوفلوكساسين levofloxacin بنسبة 65.8% (25/38) والسبروفلوكساسينciprofloxacin بنسبة 28.9% (11/38) بينما وجد أن هذه العزلات البكتيرية مقاومة بنسبة 100% لـ 13/15 مضادا هي: أوكساسلين oxacillin، والسفيتركسون ceftriaxone، والأميكيسلين- كلافيولانيت amoxicillin-clavulanate، الببراسلين piperacillin، الببراسلين-تازوبكتم piperacillin –tazobactam، السيفوتاكسيم cefotaxime، والسيفيبيمcefepime ، والسفتازيديم ceftazidime، و الأزترونيم aztreonam، التوبراميسين tobramycin، والأميكاسين amikacin، الجنتاميسين gentamicin ، وتراي ميثوبريم-سيلفاميثوكزاول Trimethoprim-sulfamethoxazole. كما بينت نتائج المقاومة للمضادات الحيوية حسب قيم التركيز المثبط الأدنى MIC أنها متفقة مع النتيجة التي تم الحصول عليها بطريقة أنتشار القرص.
بينت نتائج الكشف الجزيئي عن الجينات blaKPC-2 و blaNDM-1 و blaOXA-48 المسؤولة جزئيا عن المقاومة للكاربابينمات أن عزلات البكتريا CRKP أمتلكتها بنسبة 100% و 84.2% و 65.7% على الترتيب بينما لم تمتلك (0%) هذه العزلات الجينين blaIMP و blaVIM.
بينت نتائج فحص تكوين الغشاء الحيوي biofilm formation لعزلات البكترياCRKP بطريقة اطباق المعايرة الدقيقة وعند الطول الموجي 630 نانوميتر أن 5.3% و 94.7 من العزلات البكترية كونته بدرجة متوسظة و ضعيفة على الترتيب.
بينت نتائج فحص قابلية العزلات البكتيرية CRKP على أنتاج المواد الخالبة أن جميع العزلات البكتيرية (100%) كانت منتجة لها.
بينت نتائج فحص قابيلة العزلات البكترية CRKP على أنتاج مضخات الدفق ان جميع العزلات البكترية ((%100 كانت منتجة لها.
أظهرت نتائج التحليل التابعي DNA sequencing للجين 16S-23SrDNA (عزلة واحدة) و أربعة عزلات لكل من الجينات blaKPC-2 و blaNDM-1 و blaOXA-48 وجود 38 طفرة وراثية لكل من الجينين bla NDM-1 وbla OXA-48 وطفرة واحدة لكل من الجينين 16S-23SrDNAو blaKPC-2.
وتوصلت الطالبة الى الاستنتاجات التالية :
-
وجد أن معدل أنتشار عزلات البكتريا CRKP بين عزلات بكتريا pneumoniae مرتفعة (11.1%).
-
وجد أن جميع عزلات البكتريا CRKP منتجة لأنزيمات MBLs 100% بينما كانت جميع هذه العزلات غير منتجة لأنزيمات ESBLs.
-
وجد أن جميع عزلات البكتريا CRKP مقاومة بنسبة 100% للمضادات المختبرة عدا مضادي السبروفلوكساسين واليفوفلوكساسين.
-
وجد أن عزلات البكتريا CRKP أحتوت على الجبن blaKPC-2 و blaNDM-1 و blaOXA-48 بنسبة 100% و 84.2% و 65.7% على الترتيب بينما لم تحتوي 0% هذه العزلات كلا الجنين blaIMP و blaVIM.
-
وجد أن عزلات البكتريا CRKP كونت الغشاء الحيوي بدرجة متوسطة أو ضعيفة.
-
وجد أن جميع عزلات البكتريا CRKP 100% قد أنتجت المواد الخالبة siderophores.
-
وجد أن جميع عزلات البكتريا CRKP 100% قد أمتلكت مضخات الدفق Efflux pumps.
Molecular Detection of some resistance Geneses of Klebsiella pneumoniae isolated from Clinical Samples
By Mariam Hadi Mohammed
Supervised by Dr. Mahmoud Ibrahim Ismail
Abstract
In this study, a total of 381 clinical samples included 96 burns samples, 47 wounds samples, 67 sputum samples, 92 urinary tract infections samples, 11 otitis media samples, 63 stool samples and 5 cerebrospinal samples were collected from five hospitals in Baghdad city, during a period from 23/7/2018 to15 /1/2019. The samples were cultured on MacConkey agar and blood agar media to isolate Klebsiella pneumoniae bacteria. The study reached for the following
The results showed that rate of K. pneumoniae isolates was 89.8% (342/381) of total clinical samples and, it was found that 11.1 % (38/342) of K .pneumonia isolates were resistant to carbapenem (CRKP). These CRKP isolates was subjected to study
The results of phenotypic betalactamases detection showed that all CRKP isolates (100%) did not produce extended spectrum betalactamases using double disk synergy test, while all these isolates were 100% produced metallo-betalactamases (MBLs) using imipenem-EDTA combined disk test
Result of antibiotic sensitivity test for CRKP isolates against 15 antibiotics using agar disk diffusion method showed that sensitive rate were 65.8% and 28.9% for levofloxacin and ciprofloxacin respectively, while all CRKP isolates were 100% resistant (sensitivity 0%) for the other 13 antibiotics: oxacillin,ceftriaxone, amoxicillin-clavulanate, piperacillin, piperacillin –tazobactam,cefotaxime, cefepime, ceftazidime, aztreonam, tobramycin, amikacin, gentamicin and trimethoprim-sulfamethoxazole. The resistance results of metallo-betalactamase producing CRKP isolates for antibiotics according to MICs values were agreement to results that obtained by disk diffusion method
The result of molecular detection of blaKPC-2,blaNDM-1 and bkaOXA-48 genes responsible partial resistance for carbapenems antibiotics showed that 100%, 84.2% and 65,7% of CRKP isolates were contained the genes respectively, while the blaIMP and blaVIMgenes were not recorded (0%) in all CRKP bacterial isolates
The results of bio film formation test of CRKP isolates by microtiter plate method at wave length 630 nm showed that all isolates (100%) was formed it, 5.3% and 94.7% of bacterial isolates was formed moderate bio film and weak bio film respectively.
The results of side rophores production test of CRKP isolates showed that all isolates (100%) was produced it.
The results of efflux pumps production test of CRKP isolates showed that all isolates (%100) was production it.
The sequencing analysis for 16S-23SrDNA gene (one CRKP isolates), four isolates for each of blaKPC-2, blaNDM-1 and blaOXA-48 genes were done and the results appeared (38) mutations for each blaOXA-48 and blaNDM-1 and one mutation for each 16S-23SrDNA and blaKPC-2.
